Licenciado en Medicina y Cirugía por la Universidad de Málaga (1984-1990), Plaza de Médico Interno Residente de Cirugía General y Digestiva en la convocatoria de Octubre-1991 y curso la especialidad de Cirugía General y Digestiva entre Enero-1992 y Diciembre-1996 en el Hospital Regional Universitario de Málaga “Carlos Haya” bajo la dirección del Profesor Dr. D. Agustín de la Fuente Perucho como Jefe de Servicio. Cursos de doctorado completos, realizados durante los años 1991-92 y 1992-93, en el departamento de cirugía, obstetricia y ginecología, titulados: “Actualización en Cirugía”. Obtuvo el grado de Doctor en Medicina y Cirugía por la Universidad de Málaga con la máxima calificación Sobresaliente Cum Laude tras la lectura de su Tesis Doctoral, en Abril de 1997 titulada “Análisis pronóstico de la expresión de la proteína p53, ploidía del ADN y otras variables clinicopatológicas en el cáncer colorrectal». Ha completado Acreditación de Calidad Nivel AVANZADO según el Programa de Acreditación de Competencias Profesionales de Cirujano/a General y del Aparato Digestivo, de la Agencia de Calidad Sanitaria de Andalucia.
Desde que terminó la especialidad en Diciembre-1995 y hasta la actualidad, el Dr. Francisco Javier Moreno ha trabajado como Facultativo Especialista de Área (F.E.A.) de Cirugía General y Digestiva en el Hospital de la Axarquía y en el Hospital de Antequera (Área Sanitaria Norte de Málaga). Tras haber obtenido plaza en propiedad por Concurso-Oposición en el Sistema Sanitario Público Andaluz, el Dr. Francisco Javier Moreno se incorporó en Abril-2010 a su plaza como F.E.A. en el Hospital Universitario “Carlos Haya” de Málaga. Profesor Asociado en el Departamento de Cirugía, Obstetricia y Ginecologia de la Facultad de Medicina de la Universidad de Málaga.
Fue Tutor de Formación de Residentes de la especialidad de Medicina Familiar y Comunitaria, en el Hospital de Antequera desde Mayo de 1998 hasta Julio de 2002 y desde Abril de 2009 hasta Abril de 2010. Ha sido codirector del “MÁSTER UNIVERSITARIO EN CIRUGÍA ENDOSCÓPICA (1ª EDICIÓN)” celebrado en Granada durante los cursos académicos 2005/2006, 2006/2007 y 2007/2008, con una duración de 990 horas. Ha participado como docente del “MÁSTER PROPIO EN CIRUGÍA ENDOSCÓPICA (2ª EDICIÓN)”, celebrado en Granada durante los cursos académicos 2008/2009 y 2009/2010, con una duración de 990 horas. Docente de los cursos de Formación Básica en Cirugía laparoscópica para MIR 1. Edición 1 y 2, organizado por la Asociación Española de Cirujanos.
Diploma de Competencia en Cirugía Bariátrica tras haber superado los objetivos y adquirido las competencias en el Programa de Formación de la Sociedad Española de Cirugía de la Obesidad (SECO) en todas sus fases (I a V).
Durante su ejercicio profesional en el Área Sanitaria Norte Málaga ha sido miembro de Comisiones Hospitalarias de Infecciones y Docencia desde 1999 hasta el año 2009.
Asimismo, el Dr. Francisco Javier Moreno ha sido autor de 1 capítulo de libro y ha publicado 26 artículos científicos en Revistas Nacionales e Internacionales; igualmente, ha presentado a los largo de su carrera más de 200 comunicaciones en Cursos y Congresos y ha sido Ponente en numerosas Reuniones Científicas. Es miembro, en la actualidad, de las siguientes Sociedades Científicas: Asociación Andaluza de Cirujanos (A.S.A.C.); Asociación Española de Cirujanos (A.E.C.); Además, es miembro de las Sociedad Española de Cirugia de la Obesidad Mórbida y de las Enfermedades Metabólica.